Det är i slutet av åttiotalet och Somalia är på randen till det inbördeskrig som landet fortfarande är drabbat av, och som har slagit sönder varje liten rest av ett politiskt system. I Förlorade själar får vi se de mänskliga dimensionerna av detta sammanbrott, i tre kvinnors kamp för överlevnad. Den kvinnliga soldaten Filsan kämpar för att försvara landets kommunistiska militärjunta men blir till slut den jagade, änkan Kawsar kämpar bokstavligt talat för sitt liv efter en svår misshandel av polisen, och flickan Deqo drömmer om sitt första par skor.